Selain E-Paspor, salah satu syarat memasuki Jepang bagi Warga Negara Indonesia adalah Visa. Tapi dengan semakin membaiknya hubungan bilateral kedua negara, per 1 Desember 2014 pemerintah Jepang memberlakukan pembebasan Visa bagi WNI dengan cara melakukan registrasi sebelum keberangkatan bagi pemegang IC Passport/E-Paspor (Paspor dengan Logo Chip di bagian sampul depan) dikantor perwakilan Negara Jepang (Kedutaan Besar Jepang/Konsulat Jendral Jepang/Kantor Konsulat Jepang)
Syarat untuk registrasi visa adalah sebagai berikut :
- Unduh dan isi visa waiver form http://www.id.emb-japan.go.jp/visa_waiver_form.PDF
- E-Paspor yang masih berlaku